В 1720―1721 гг., коллегиальный статус получил Главный магистрат и Святейший синод Русской православной церкви, или Духовная коллегия, а для управления дворянским землевладением была создана Вотчинная коллегия. Наконец, в 1722 г. Берг-мануфактур-коллегия была поделена на два ведомства: главой Берг-коллегии, которая сконцентрировалась на организации и руководстве горнорудной промышленности, остался Я.В. Брюс, а Мануфактур-коллегию, которая занялась строительством новых казенных мануфактур, возглавил В.Я. Новосильцев.
Первоначально деятельность всех коллегий определялась собственными регламентами, но в 1720 г. был издан «Генеральный регламент», состоящий из 56 глав, который установил единообразное организационное устройство и порядок деятельности всех коллегий. Согласно этому регламенту, каждая коллегия состояла из «присутствия», куда входили президент, вице-президент, четыре советника и четыре асессора, и канцелярии, которая состояла из довольно внушительного и строго регламентированного штата чиновников. Подобно Сенату все решения в каждой коллегии принимались голосованием, при этом ее президент, как и все другие члены «присутствия», обладал только одним голосом.
Таким образом, в 1722 г. была полностью завершена реформа всей системы центрального управления, и вместо громоздкой приказной системы созданы 12 коллегий, которым подчинялась вся губернская, провинциальная и уездная администрация.
В начале XVIII в. местное управление осуществлялось на основе старой модели воеводского управления и системы областных приказов. Затем Петр I приступил к перестройке местных органов власти, которая прошла в несколько этапов.
1) В 1699 г. по указу Петра I во всех городах страны были созданы выборные органы власти — земские избы, или ратуши, которые стали подчиняться не воеводской или приказной администрации, как было раньше, а напрямую Бурмистрской палате (Ратуше) в Москве, которую возглавил известный «прибыльщик» Алексей Александрович Курбатов. Главная цель этой реформы состояла в том, чтобы превратить земские избы в ответственных сборщиков прямых и косвенных налогов, а Ратушу в центральное казначейство страны. После проведения областной реформы в 1710 г. земские избы были упразднены, но позднее, в 1720 г., вновь воссозданы, но уже в форме магистратов, объединенных в Главный магистрат во главе с князем Ю.Ю. Трубецким, который вскоре получил статус коллегии.
2) В 1708―1710 г. была проведена губернская (областная) реформа, в ходе которой появились новые, более крупные административные единицы — губернии. Вся страна была разделена на девять губерний: Московскую, Петербургскую, Киевскую, Архангелогородскую, Смоленскую, Казанскую, Воронежскую, Азовскую и Сибирскую во главе с губернаторами, которые назначались лично царем и обладали всей полнотой военной, административной и судебно-полицейской власти на территории вверенных им губерний. В непосредственном подчинении губернатора находились губернская канцелярия и четыре помощника, каждый из которых ведал определенной отраслью управления.
3) В 1713–1715 гг. была проведена очередная административная реформа, в ходе которой было создано три новых губернии — Нижегородская, Астраханская и Рижская, а между губерниями и уездами созданы новые административные единицы — провинции и дистрикты (округа), во главе которых стояли коменданты и земские комиссары.
4) В 1719 г. была проведена новая провинциальная реформа, в ходе которой страна была поделена на 50 провинций во главе с воеводами, которым из рук губернаторов передавались все финансово-хозяйственные и административно-полицейские функции. Все провинции, как и раньше, делились на дистрикты во главе с земскими комиссарами и комендантами.
В том же 1719 г. Петр I провел судебную реформу, в ходе которой были созданы нижние (провинциальные и городские) и верхние (надворные) суды. Однако уже в 1722 г. нижние суды были упразднены, а верхние суды, возглавлявшиеся губернаторами, просуществовали только до 1727 г., и таким образом, первая попытка отделения суда от администрации, т. е. исполнительной власти на местах, с треском провалилась.
В период проведения всех «областных» реформ Петр I особое внимание всегда уделял Малороссийскому краю, который в условиях Северной войны имел стратегически важное значение. В январе 1710 г., после проведения первой областной реформы и образования Киевской губернии, он назначил в Киев первого генерал-губернатора князя Д.М. Голицына, а в новую гетманскую ставку в город Глухов для присмотра за гетманом И.И. Скоропадским направил «государева министра», бывшего суздальского воеводу А.П. Измайлова. Но даже в этих условиях малороссийская казацкая старшина, различные группировки которой возглавляли сам гетман И.И. Скоропадский, генеральный хорунжий Д.В. Забела и черниговский полковник П.Л. Полуботок, продолжала враждовать между собой, и буквально завалили Москву, а затем и Петербург доносами и кляузами друг на друга. Кроме того, сам Иван Ильич Скоропадский постоянно «бомбил» государя разного рода челобитными «об утверждении прав, вольностей и порядков, доселе бывших в малороссийском войске». В конце концов Петру I это порядком надоело, и после приезда И.И. Скоропадского в Москву на «коронационные торжества» по случаю принятия им императорского титула, в 1722 г. он отменил выборность запорожского гетмана, назначил первого наказного гетмана — Петра Леонтьевича Полуботка и учредил Малороссийскую коллегию, которую возглавил бригадир С.Л. Вельяминов, которому государь в личной инструкции наказал «чинить суд и расправу по самой правде нелицемерно, как доброму и честному офицеру надлежит».