После этой блестящей победы фельдмаршал А.В. Суворов намеревался начать поход на Париж, но после личной встречи австрийского императора Франца II с Павлом I он получил приказ двигаться в Швейцарию на соединение с корпусом генерала А.М. Корсакова и австрийскими войсками принца Е. Кобургского, которые оказались в крайне затруднительном положении.
10 сентября 1799 г. армия фельдмаршала А.В. Суворова вышла в Швейцарский поход и через уже три дня достигла южных склонов Сент-Готардского перевала, имевшего важное стратегическое значение. А на следующий день авангард русских войск под командованием двух талантливых генералов П.И. Багратиона и М.А. Милорадовича разгромил французский корпус генерала Ж. Лекурба у Чертова моста и овладел Сент-Готардским перевалом.
Две французских армии генералов А. Массенá и Н. Сульта поодиночке разгромили в равнинной Швейцарии корпус генерал-аншефа А.М. Корсакова и австрийские войска генерала Ф. Готца. Не ведая о произошедших событиях в равнинной Швейцарии, 16 сентября 1799 г. А.В. Суворов перешел Росштокский перевал и вышел в Мутенскую долину, где был окружен армией генерала А. Массенá. В течение трех дней русский арьергард под командованием генералов А.Г. Розенберга и М.А. Милорадовича вел неравный бой с армией А.Массенá, который окончился полным разгромом французских войск и выходом русской армии из окружения. А 28 сентября 1799 г. армия фельдмаршала А.В. Суворова вышла в долину Рейна и завершила Швейцарский поход. Несмотря на столь печальный итог Швейцарского похода, произошедший по вине австрийской стороны, великий русский полководец с триумфом вернулся в Петербург, где в октябре 1799 г. именным императорским указом был удостоен высшего воинского звания генералиссимуса русских войск.
Осенью 1800 г. из-за агрессивной политики британского двора, чей флот захватил остров Мальту, Павел I разорвал союзнические отношения с Британией и Австрией и вышел из состава Второй антифранцузской коалиции. В декабре 1800 г. Россия заключила военные союзы с Пруссией, Швецией и Данией, провозгласила политику «вооруженного нейтралитета» против Англии и в январе 1801 г. подписала мирный договор с наполеоновской Францией, которая сама усиленно искала надежных военных союзников в борьбе с британской короной. Павел I был полон решимости начать полномасштабную войну с Британской империей и даже отдал приказ о подготовке военного поход в Индию, но его трагическая гибель положила конец этим наполеоновским планам «последнего рыцаря империи».
Первая антипавловская «конспирация», так называемый «смоленский кружок якобинцев», возникла практически сразу после восшествия Павла I на престол, в начале 1797 г. центральным органом «смоленских якобинцев» был «канальский цех», членами которого стали исключительно армейские офицеры, чьи части были расквартированы на территории Смоленской губернии. Главой этого кружка стал отставной армейский полковник А.М. Каховский, которые долгие годы служил в штабе фельдмаршала А.В. Суворова и пользовался его особым расположением, поэтому сразу после опалы своего «патрона» он тоже был отправлен в отставку. Первоначально именно ему он и предложил возглавить очередной дворцовый переворот, однако после отказа престарелого фельдмаршала Каховский стал искать союзников на стороне. По информации историков (М. Сафонов, О. Михайлов, Н. Михайлова), численность этой «конспирации» составила всего 25–30 старших офицеров, где первую скрипку играли три влиятельных «канальи»: сам полковник А.М. Каховский, отставной и действующий командиры Петербургского драгунского полка полковники П.С. Дехтерев и П.В. Киндяков. Летом 1798 г. «смоленский кружок» был раскрыт и все его члены арестованы. По материалам следствия, которое проводил генерал-майор Ф.И. Линденер, «смоленские якобинцы» готовили убийство Павла I, однако, несмотря на столь тяжкое обвинение, наказание для них оказалось очень странным: ряд из них — генерал от инфантерии Т.И. Тутолмин и подполковник А.П. Ермолов вообще были оправданы, большая часть была сослана «на вечное поселение» в свои имения, и только трое — полковник А.М. Каховский, полковник И.А. Бухаров и майор А.С. Потемкин были заточены в Петропавловскую крепость. Столь мягкое наказание для заговорщиков, вероятно, было связано с тем, что непосредственный начальник генерал-майора Ф.И. Линденера, генерал-прокурор Сената князь П.В. Лопухин представлял императору смоленское дело как «шашни всего нескольких злокозненных офицеров».
Вторая антипавловская «конспирация» возникла тоже в 1797 г., когда широкие круги дворянства в полной мере оценили все прелести недолгого павловского правления. Тогда в числе главных заговорщиков числились цесаревич Александр Павлович, канцлер А.А. Безбородко и молодые друзья наследника престола — князь А.А. Чарторыйский, граф Н.Н. Новосильцев, граф П.А. Строганов и граф В.П. Кочубей. Ряд историков (М. Сафонов, Н. Минаева) считают, что в планы заговорщиков были посвящены и другие влиятельные лица, в частности, фельдмаршал А.В. Суворов, его зять граф Н.А. Зубов и его старший брат, последний екатерининский фаворит, генерал от инфантерии князь П.А. Зубов. На своих тайных совещаниях заговорщики не только вели политические разговоры и разные дискуссии, но и подготовили «Манифест о конституционном устройстве России» и «Записку о потребностях империи Российской». Опасаясь разоблачения, заговорщики вскоре свернули свою деятельность и затаились до лучших времен.