Реальная власть в эти дни оказалась отнюдь не в руках новоиспеченной регентши, а в руках амбициозного князя И.А. Хованского, который, став новым главой Стрелецкого приказа, решил начать собственную игру. В течение трех месяцев царевна Софья и ее ближайшее окружение постоянно находились под угрозой нового стрелецкого бунта и «мятежа старообрядцев», с которыми стал активно заигрывать князь И.А. Хованский. После завершения теологического диспута патриарха Иоакима с одним из лидеров раскольников Никитой Пустосвятом регентша пошла на решительные действия и решила положить конец авантюрным планам главы Стрелецкого приказа. В августе 1682 г. под благовидным предлогом князь И.А. Хованский был вызван к государям в Троицкую обитель, но по дороге был схвачен боярином М.Б. Лыковым, обвинен в государственной измене и тут же обезглавлен.
После этих драматических событий реальная власть оказалась в руках Софьи и ее ближайшего окружения, где особую роль стали играть две персоны — ее фаворит, новый глава Посольского приказа князь Василий Васильевич Голицын и новый глава Стрелецкого приказа думный дьяк Федор Леонтьевич Шакловитый. В исторической науке до сих пор не прекращается спор о личности царевны Софьи и князя В.В. Голицына и их политической программе. Одни авторы (А. Кузьмин, А. Богданов), основываясь на «Записках о Московии» польского дипломата французского происхождения маркиза де ля Невилля, который был лично знаком и с самой Софьей, и с ее фаворитом, утверждают, что у них была целостная программа государственных реформ, которая предусматривала многие новации, в том числе отмену крепостного права. Их оппоненты (Н. Павленко, Е. Анисимов) отрицают этот факт и считают, что делать подобного рода выводы на основании всего одного источника, и то явно сомнительного происхождения, составленного «не выходя из кабинета» не самим де ля Невиллем, а плодовитым французским литератором Адрианом Байе, крайне опрометчиво.
Весь период регентства Софьи шла подспудная борьба за власть с ближайшим окружением Петра. Особенно обострилась она с января 1689 г., когда по настоянию своей матери Натальи Кирилловны Нарышкиной юный царевич Петр обвенчался на боярышне Евдокии Федоровне Лопухиной, в связи с чем приобрел статус совершеннолетнего и более не нуждался в опеке со стороны царевны Софьи. Поэтому по подсказке окольничего Ф.Л. Шакловитого в ход была запущена новая интрига против клана Нарышкиных, которая как две капли воды была схожа с интригой семилетней давности. В начале августа 1689 г. по приказу царевны Софьи четыре стрелецких полка, расквартированные в Москве, были введены на территорию Кремля. Царь Петр, узнав об этом «происшествии», жутко испугавшись нового стрелецкого бунта, бежал в одних портах из своей подмосковной резиденции села Преображенского в Троице-Сергиев монастырь. В течение трех недель шло активное противостояние сторон, пока на сторону Петра не перешли сам патриарх Иоаким, большинство членов Боярской думы и ряд стрелецких полков, в том числе полки Василия Борисовича Бухвостова и Лаврентия Панкратьевича Сухарева.
В сентябре 1689 г. мятежная царевна Софья была лишена царского титула и под именем инокини Сусанны заточена в Новодевичий женский монастырь, где содержалась «под строгим караулом» до самой своей смерти в 1704 г. Окольничий Ф.Л. Шакловитый, который был инициатором произошедших событий, был обвинен в попытке государственного переворота и обезглавлен, а главу правительства князя В.В. Голицына со всем его семейством сослали в далекий Каргополь, где он и скончался в 1714 г.
В оценке стрелецких бунтов существуют две основных точки зрения. Целый ряд советских историков, например, профессор В.И. Буганов, автор известной монографии «Московские восстания конца XVII в.» (1969), считали их крупными антифеодальными движениями. Их оппоненты, в частности профессор Н.И. Павленко, автор знаменитой статьи «Об оценке стрелецкого восстания 1682 г.» (1971), категорически отрицали данную оценку и вполне резонно утверждали, что московские стрельцы стали разменной монетой в борьбе боярских группировок за власть, поэтому любая попытка представить стрелецкие бунты как социальные движения просто не выдерживает критики.
События августа — сентября 1689 г. знаменовали собой начало единодержавного правления Петра I (1689―1725), хотя формально еще несколько лет его равноправным соправителем оставался старший брат Иван V (1689–1696). Придя к власти, юный Петр отнюдь не погрузился в рутинные государственные дела. На первых порах все рычаги государственного управления были сосредоточены в руках нового правительства, куда вошли ближайшие родственники и сподвижники его матери и убиенного боярина А.С. Матвеева — бояре Л.К. Нарышкин, Б.А. Голицын, П.А. Лопухин, Т.Н. Стрешнев и другие. Сам же юный монарх практически все свое время проводил либо в Немецкой слободе (Кокуй) у своей зазнобы Анны Монc, либо в потехах со своими сверстниками и друзьями в царских селах Измайлово, Преображенское и других пригородах столицы. Постепенно из этой разношерстной и разновозрастной компании молодого царя сформируется знаменитая плеяда крупных государственных деятелей и ближайших сподвижников Петра: Александр Данилович Меншиков, Федор Матвеевич Апраксин, Франц Яковлевич Лефорт, Федор Юрьевич Ромодановский, Никита Иванович Репнин, Иван Иванович Бутурлин, Борис Иванович Куракин и многие другие.
Начало активной государственной деятельности Петра I большинство историков (Н. Павленко, Л. Милов, Е. Анисимов) обычно связывает со знаменитыми Азовскими походами 1695–1696 гг., в которых юный царь принял самое активное и деятельное участие. По возвращении в Москву, в феврале 1697 г. Петр узнал о существовании нового заговора, к которому были причастны думный дворянин, бывший стрелецкий полковник Антон Циклер, бывший глава Конюшенного приказа окольничий Алексей Соковнин, боярин Матвей Пушкин и ряд других влиятельных членов прежнего правительства. Царь лично принял участие в расследовании это громкого дела, и после выяснения всех обстоятельств и круга лиц, причастных к этому заговору, все заговорщики были обезглавлены, а их головы, посаженные на кол, выставили на всеобщее обозрение в центре Москвы.