Последняя прокламация не только озлобила царскую власть, но даже шокировала многих радикалов, в том числе А.И. Герцена, Н.П. Огарева, Н.Г. Чернышевского и М.А. Бакунина, которые решительно отмежевались от ее «кровавых сентенций».
Н.Г. Чернышевский при активной финансовой поддержке А.И. Герцена и Н.П. Огарева, которые сами находились на содержании английского клана Ротшильдов, занялся объединением радикальных сил, сочетая легальные и нелегальные методы работы. В конце 1861 г. в Петербурге сложилась первая революционно-народническая организация — «Земля и воля». Ее идейными вдохновителями были всё те же А.И. Герцен и Н.Г. Чернышевский, а реальными организаторами стали братья Н.А. и А.А. Серно-Соловьевич, А.А. Слепцов, Н.Н. Обручев, С.С. Рымаренко и В.С. Курочкин, которые вошли в ее Центральный комитет.
«Земля и воля» строилась как федерация кружков, созданных в 14 городах страны: в Петербурге, Москве, Твери, Саратове, Вологде, Астрахани, Полтаве и ряде других. Самыми крупными отделениями были московский и петербургский кружки: первый кружок возглавлял сын купца-миллионера Н.И. Утин, а второй кружок опекали Ю.М. Масолов и Н.М. Шатилов, которые были любимыми учениками Н.Г. Чернышевского по саратовской гимназии. «Земля и воля» имела и свою военную организацию — «Комитет русских офицеров в Польше», которую возглавлял подпоручик А.А. Потребня.
Первоначально программным документом «Земли и воли» стала статья Н.П. Огарева «Что нужно народу?», опубликованная в июле 1861 г. в эмигрантском журнале «Колокол». Изложенная в этой статье программа действий была рассчитана на сплочение всех оппозиционных и революционных сил и носила в основном умеренный характер. В частности, в ней выдвигались требования безвозмездной передачи крестьянам всей земли, которой они владели до реформы, замены правительственных чиновников выборными волостными, уездными и губернскими органами самоуправления, создания общероссийского органа представительной власти и т. д.
В дальнейшем, по мере прихода к руководству этой организацией более радикальных деятелей, в частности Н.И. Утина и Г.Е. Благосветова, программа «Земли и воли» претерпела серьезные изменения. В феврале 1863 г. в первом номере нелегальной газеты «Свобода» землевольцы провозгласили новые положения своей программы, в частности, свержение самодержавия и созыв Учредительного Земского собора путем народной революции, которую совместно с польскими революционерами они собирались начать весной 1863 г.
Дело в том, что еще осенью 1861 г. в Варшаве возникла тайная организация «красных революционеров» во главе с Центральным национальным комитетом, которая ставила своей задачей полное восстановление польской государственности в границах 1772 г. Наиболее видными руководителями этой русофобской националистической группировки были очень популярные лидеры «красных» — генерал Я. Домбровский, С. Сераковский, З. Падлевский, С. Бобровский и В. Врублевский, которые были самым тесным образом связаны с русскими революционерами. В декабре 1862 г. на встрече лидеров «Земли и воли» с польскими «красными» была достигнута договоренность о совместном выступлении весной 1863 г. После ареста Я. Домбровского польские националисты решили не откладывать свое выступление, и в январе 1863 г. в Царстве Польском вспыхнул новый мятеж, вызвавший неописуемый восторг у всех предателей русских национальных интересов, рядившихся в революционные рясы. После подавления польского восстания настал конец и самой «Земле и воле», которая, полностью обанкротившись, прекратила свое существование летом 1864 г.
Радикальное направление в русском освободительном движении середины 1860-х — начала 1870-х гг. было представлено деятельностью различных нелегальных и полулегальных кружков и организаций, среди которых обычно выделяют следующие структуры:
а) «Кружок ишутинцев» (1863―1866). Он возник в Москве осенью 1863 г. по инициативе саратовского разночинца и вольнослушателя Московского университета Николая Андреевича Ишутина. Основное ядро этой подпольной организации составили сам Н.А. Ишутин, его двоюродный брат Д.В. Каракозов, Д.А. Юрасов, П.Д. Ермолов, В.Н. Николаев и другие члены пензенского землячества, учившиеся в Москве. Филиал ишутинского кружка в северной столице возглавлял Иван Александрович Худяков. Первоначально деятельность ишутинцев не выходила за рамки чисто пропагандистской работы и обсуждения всевозможных проектов реформирования страны. Но в феврале 1865 г., разочаровавшись в итогах своей пропагандистской работы, наиболее радикальные члены кружка создали в его недрах тайное общество под названием «Организация», и стали вынашивать планы государственного переворота и цареубийства. 4 апреля 1866 г. Дмитрий Каракозов совершил неудачное покушение на Александра II, которое и привело к разгрому самого ишутинского кружка.
б) «Кружок нечаевцев» (1868―1869). Эта тайная организация революционеров возникла в Петербурге по инициативе очередного студента-недоучки Сергея Геннадьевича Нечаева и его приятеля журналиста Петра Никитича Ткачева. В процессе создания организации они разработали «Программу революционных действий», которая в основном предусматривала пропаганду идеи народного восстания, которое, по мнению С.Г. Нечаева, должно начаться весной 1870 г. Так и не успев встать на ноги, эта очередная контора радикальных революционеров была разгромлена полицией в марте 1869 г.
в) «Народная расправа» (1869―1870). После разгрома «нечаевского кружка» его руководитель все-таки успел улизнуть за границу и, выдав себя за эмиссара мифического Революционного центра, выклянчил у А.И. Герцена и Н.П. Огарева крупную сумму денег в размере 20 тысяч франков. Затем он сблизился с теоретиком русских анархистов М.А. Бакуниным, и они решили создать в России новое тайное общество. С этой целью они написали печально знаменитый «Катехизис революционера», ставший своеобразной «этикой революционного экстремизма».