В первые годы правления Александра I был проведен ряд административных преобразований.
а) В марте 1801 г. под председательством своего наставника графа Н.И. Салтыкова император учредил совещательный орган — Непременный (Постоянный) совет, в состав которого вошли 12 самых влиятельных сановников империи: П.В. Завадовский, А.Р. Воронцов, Д.И. Трощинский, П.А. Зубов и ряд других вельмож. После проведения министерской реформы значение Непременного совета стало неуклонно падать, а после учреждения Государственного совета в январе 1810 г. этот властный орган окончательно прекратил свое существование.
б) В июле 1801 г. была учреждена Комиссия составления законов во главе с графом П.В. Завадовским, однако ее деятельность оказалась столь же бесплодной и бесполезной, как и предыдущих уложенных комиссий, и в 1804 г. она приказала долго жить. Одновременно с созданием этой комиссии «Негласный комитет» приступил к обсуждению «Жалованной грамоты российскому народу», краеугольным принципом которой провозглашалась неприкосновенность личности. Предполагалась, что эта грамота будет обнародована в сентябре 1801 г. во время коронационных торжеств в Москве. Однако вскоре и сам император, и его «интимные друзья» посчитали сей проект «несвоевременным» и отложили его принятие до лучших времен.
в) В сентябре 1801 г. Правительствующий сенат, влияние и значение которого сильно пошатнулось во времена Екатерины II и Павла I, был восстановлен в ранге высшего судебно-административного органа и «хранителя законов» Российской империи. Сенату вновь было предоставлено право «делать представления» (т. е. возражения) по поводу тех указов императора, которые противоречат существующим законам. Первая же попытка членов Сената опротестовать проект нового императорского указа об обязательной двенадцатилетней службе дворян, который противоречил «Жалованной грамоте дворянству» (1785), вызвала резкое недовольство Александра I и Сенат получил «разъяснение», что он может делать «представления» по поводу ранее изданных законов, а не будущих.
Ряд современных авторов (Н. Проскурякова) не вполне правомерно пишет о возникновении в этот период двух политических группировок сановной знати Петербурга: старых екатерининских вельмож, которые группировались вокруг Сената, и «заговорщиков», группировавшихся вокруг Непременного совета, поскольку многие из них одновременно являлись членами обеих властных структур.
г) В сентябре 1802 г. был проведен первый этап министерской реформы, в ходе которого вместо восстановленных Павлом I петровских коллегий создавалось 8 министерств: военно-сухопутных сил, военно-морских сил, внутренних дел, иностранных дел, юстиции, финансов, коммерции и народного просвещения. В отличие от упраздненных коллегий новые органы исполнительной власти строились на принципах единоначалия, где все важнейшие вопросы решались исключительно министрами, которые назначались на должность и смещались с нее лично императором. Каждый министр имел своего заместителя (товарища министра) и личную канцелярию. Сами министерства делились на департаменты во главе с директорами, департаменты состояли из отделений, которые возглавлялись начальниками, а отделения подразделялись на столы во главе со столоначальниками. Кроме того, для совместного обсуждения дел учреждался Комитет министров, но он не был наделен реальными властными полномочиями. В Комитет министров первоначально входили все министры, а затем и председатели четырех департаментов Государственного совета и Государственный секретарь. Первыми министрами были назначены как представители старой екатерининской знати (Н.С. Мордвинов, Г.Р. Державин, П.В. Завадовский), так и молодые друзья Александра (Н.Н. Новосильцев, В.П. Кочубей, П.П. Строганов, А.А. Чарторыйский).
Историки до сих пор неоднозначно оценивают проведенную реформу исполнительной власти. Одни (Н. Троицкий) считают, что она ровным счетом ничего не изменила, поскольку верховным распорядителем власти по-прежнему остался император. Другие (В. Федоров, П. Зырянов) утверждают, что министерская реформа знаменовала собой дальнейшую бюрократизацию управления и усовершенствование центрального аппарата страны. А третьи (С. Середонин) полагали, что министерская реформа привела к «самодержавию министерств», что не входило в планы их инициатора.
Помимо административных реформ в начале своего царствования Александр I провел ряд преобразований в сфере экономики и социальных отношений, в частности:
а) в декабре 1801 г. был издан указ, разрешивший купцам, мещанам и государственным крестьянам свободную куплю-продажу земли, что стало серьезным ударом по дворянской монополии на земельную собственность;
б) в феврале 1803 г. по инициативе графа С.Р. Воронцова был подписан знаменитый указ «О вольных хлебопашцах», разрешавший помещикам даровать вольную крепостным крестьянам, предоставляя им в собственность небольшие наделы земли;
в) в 1804―1805 гг. был проведен первый этап аграрной реформы в Эстляндии, Лифляндии и Курляндии, в ходе которого все прибалтийские крестьяне, при сохранении прежних феодальных повинностей, становились владельцами своих земельных наделов.
Начиная с 1805 г., когда Россия резко активизировала внешнеполитическую деятельность и стала полноправным членом новых антифранцузских коалиций, Александр I вынужден был прервать свою реформаторскую деятельность. Неудачные войны 1805―1807 гг. и особенно позорный для России Тильзитский мир серьезно подорвали репутацию молодого императора и его правительства внутри страны. Более того, многие сановники и представители высшей знати открыто называли Александра I «приказчиком Наполеона» и поговаривали о возможной «перемене царствования». В частности, самые активные противники ненавистного тильзитского курса высказывали крамольное предложение о пострижении Александра I в монахи и возведении на престол его младшей сестры, великой княгини Екатерины Павловны, не замеченной в либеральных поползновениях.