Единственным новшеством, взятым из «Проекта» графа Н.И. Панина, стала реформа Правительствующего сената, в ходе которого он был разделен на шесть департаментов и окончательно потерял свою прежнюю роль высшего административного органа империи, сохранив за собой лишь функции высшей судебной инстанции. Екатерина II значительно повысила роль генерал-прокурора Сената, который, помимо исполнения своих традиционных полномочий, стал фактически министром юстиции и министром финансов Российской империи.
Однако уже в начале 1764 г., почувствовав себя более уверенно на троне, Екатерина II избавилась от прежних влиятельных вельмож и сделала ставку на новое поколение русских государственных деятелей: генерал-прокурора Сената князя А.А. Вяземского, президента Коллегии иностранных дел графа Н.И. Панина, статс-секретарей А.В. Олсуфьева, А.В. Храповицкого и Г.Н. Теплова, а также своих всемогущих фаворитов — графа Г.Г. Орлова, князя Г.А. Потемкина и других.
Опираясь на эту когорту новых сановников империи, Екатерина II вернулась к проблеме церковного землевладения, и уже в феврале 1764 г. подписала новый указ «О секуляризации всех монастырских и церковных земель» и передаче всех монастырских крестьян, получивших статус экономических, в ведение Коллегии экономии, первым президентом которой был назначен гофмейстер императорского двора генерал-поручик князь Б.А. Куракин. В том же 1764 г. Екатерина II полностью упразднила военно-полковую автономию Малороссии, и управление этой обширной территорией вновь было передано в руки воссозданной Малороссийской коллегии, президентом которой был назначен генерал-аншеф П.А. Румянцев.
В ноябре 1765 г. Екатерина II, серьезно озаботившись проблемами экономического положения страны, по прошению ряда видных вельмож, в частности, графа Г.Г. Орлова, графа Р.И. Воронцова, графа И.Г. Чернышева и графа А.В. Олсуфьева, учредила Вольное экономическое общество, а затем приступила к сочинению своего знаменитого «Наказа» «Комиссии об уложении». Попытки проведения новой законодательной реформы неоднократно предпринимались и Петром I в 1700, 1714, 1719―1725 гг., и Екатериной I в 1725–1727 гг., и Елизаветой Петровной в 1754–1761, однако работа их уложенных комиссий не увенчалась созданием нового свода законов. Поэтому Екатерина II вновь вернулась к этой острой проблеме и уже в декабре 1766 г., окончив написание своего знаменитого «Наказа», издала указ о созыве новой «Комиссии об уложении».
Эта уложенная комиссия отличалась от своих предшественниц, по крайней мере, тремя интересными особенностями.
1) Во-первых, более широким «народным представительством», поскольку право избирать новый «депутатский корпус» впервые было предоставлено не только благородному дворянству и российскому купечеству, но также государственным крестьянам и оседлым «инородцам». Крепостные крестьяне, а также все православное духовенство вообще не были представлены в этой комиссии, за исключением новгородского митрополита Димитрия, который представлял не само духовенство, а лишь орган государственной власти — Святейший синод. Всего же, по подсчетам известного русского юриста профессора В.Н. Латкина, автора фундаментальной монографии «Законодательные комиссии в России в XVIII столетии: историко-юридическое исследование» (1887), состав депутатского корпуса последней уложенной комиссии выглядел следующим образом: из 564 депутатов 28 были от центрального правительства, 161 — от дворян, 208 — от посадских, 79 — от крестьян, 54 — от казаков и 34 — от иноверцев.
2) Другая особенность екатерининской «Комиссии об уложении» состояла в том, что накануне ее открытия всем депутатам был роздан императорский «Наказ», написанной Екатериной II в 1765―1766 гг. В отечественной исторической науке (В. Сергеевич, М. Белявский, О. Омельченко) существует устойчивое представление о сугубо компилятивном характере этого сочинения, однако данное утверждение не вполне корректно. Действительно, больше половины всех статей этого «Наказа» были практически полностью заимствованы из известных работ Шарля Монтескье «О духе законов» (1748) и Чезаре Беккария «О преступлениях и наказаниях» (1764). Однако реально екатерининский «Наказ» стал продуктом творческой переработки и ряда других известных европейских трактатов, в частности, работ двух известных немецких «полицистов» — И.Г. Юсти «Политическая экономика» (1759) и Я.Ф. Бильфельда «Политические наставления» (1764). Более того, как отметили авторитетные историки (Н. Павленко, Л. Милов), в процессе работы над своим «Наказом» Екатерина II создала собственную, вполне оригинальную политико-правовую концепцию, существенно деформировав идеи европейского Просвещения применительно к российской действительности и обосновав ряд «новаторских» идей, в частности, незыблемость самодержавного правления в Российской империи, ибо иная форма правления для столь огромной страны была бы не только вредна, но и просто разорительна.
3) Третья особенность «Комиссии об уложении» состояла в том, что практически все депутаты прибыли в Москву со своими местными «наказами», которые были составлены участниками «выборных кампаний» с учетом многочисленных сословных пожеланий и требований. В частности, русская аристократия требовала отменить петровскую «Табель о рангах», провинциальное дворянство желало ужесточить меры в отношении беглых крепостных крестьян и холопов, посадский люд, прежде всего купечество, ратовал за предоставление им всех дворянских привилегий, казенные крестьяне выступали за сокращение подушной подати и т. д. Практически все местные наказы содержали кучу жалоб на традиционные волокиту и мздоимство и в центральных, и в местных государственных учреждениях и канцеляриях. Общее количество таких наказов существенно превышало численность самих депутатов, и по оценкам историков, составляло не менее 2500 «челобитных».